Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ "Angel". Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó.

Sau các đợt tấn công không dứt của Angel, NERV quyết định tiếp nhận thêm hai phi công mới đến hỗ trợ cho chiến dịch là Asuka Langley Shikinami, một cô bé mạnh mẽ đầy cá tính, và Makinami Mari Illustrous, một nữ phi công bí ẩn từng lập chiến công tiêu diệt